“存疑时有利于被告”(indubioprereo)这一法谚最初源自罗马法，古代中国《尚书》中也有“与其杀不辜，宁失不经”的记载。意思是只要存在任何对犯罪事实合理的怀疑时，更应该保护被告人的权益。比如，在无法确定某一犯罪行为是否超过诉讼时效时，应当认为已经超过时效而不再追诉;在有罪与无罪之间存在疑问时，应当认定无罪;在重罪与轻罪之间存在疑问时，应当认定轻罪;如此等等。

　　在与强大国家机关对抗的局势下，被告显得十分弱小，能够用于自保的手段和力量是很少的。被告人的合法权益应该怎样维护呢?我们知道，刑法不仅是用来保护被害人，也是用来保护被告人的。比如公安、检察机关在侦查案件、搜集证据时不光要搜集有罪证据，同时也不能忽略无罪证据。这也就是说，被告人并没有承担无罪的举证之责，而当公安、检察机关对犯罪的证明都不能达到使人消除合理怀疑的程度，理所当然只能做出有利于被告人的判决。如同贝卡利亚所言：“除了强权以外，还有什么样的权力能使法官在罪与非罪尚有疑问时对公民科以处刑罚呢?这里并非出现什么新难题，犯罪或者是肯定的，或者是不肯定的……如果犯罪是不肯定的，就不应折磨一个无辜者。因为，在法律看来，他的罪行并没有得到证实。”

　　“存疑时有利于被告”原则已被视为“正当法律程序”概念的应有之义，是刑法中罪行法定原则的体现，是为了保护被告人的合法权益。美国的辛普森案即为典型案例。在辛普森的案子里，始终没有出现过直接的证据，所有双方提供的证据，都是所谓外围的“情况证据”。当双方证据出现矛盾时，依据美国的法律，必须站在保护被告的立场上，倾向于相信证明被告罪名不成立的证据。如今，这一原则，已经融入司法实践中去。在1996年广州市一起涉嫌盗窃的案件中，犯罪嫌疑人蔡某在公安机关6次审讯时，4次承认，2次翻供，加之又无其他定罪的直接证据，最后，法院审理认为本案证据不足，检察机关撤诉。

　　“存疑”是指存在合理怀疑，如果某种怀疑毫无道理与根据，纯属无端猜测，而仍有利于被告，这只会是在规避法律。由于客观事物发展的复杂性及多变性，案件有疑点在所难免。而法官不管面对什么样的审判，都必须结案。面对疑案，法院只有在确有证据证明被告人有罪之后，才能作出有罪判决，否则，存疑时，将做出有利于被告的判决。法治的价值取向是：宁可放走许多坏人,也不能冤枉一个好人。